Për rreth 5 muaj të vitit 1943 nga Selaniku u deportuan në Auschwitz 46 mijë hebrenj. Pothuaj të gjithë u vranë barbarisht. Zhdukja e hebrenjve të Selanikut nisi më 15 mars 1943 – si sot 80 vjet më parë.
Më 15 mars 1943 në Selanik u detyruan të futen në vagonë për transportimin e kafshëve mbi 2600 hebrenj. Ky ishte transporti i parë i hebrenjve nga Selaniku drejt kampit shfarosës të Auschwitzit (që gjendet në Poloninë e sotme). Pas 5 ditësh hebrenjtë e parë arritën në kampin Auschwitz-Birkenau.
Vargu i vagonëve nuk u ndal në javët dhe muajt në vijim. Deri më 10 gusht 1943 në Auschwitz u dërguan me forcë rreth 46 mijë hebrenj të Selanikut. 37 mijë u vranë menjëherë, gati 9000 vdiqën nga puna e detyrueshme, sëmundjet, ushqimi i keq. Në fund të Luftës së Dytë Botërore bashkësia hebraike e Selanikut përbëhej prej vetëm 1200 pjesëtarëve. Vetëm në Selanik deri në vitin 1943 jetonin rreth 50 mijë hebrenj. Paraardhësit e tyre ishin pranuar nga Perandoria Osmane pasi në Mesjetë ishin përndjekur nga kryqëzatësit spanjollë.
Nazistët e pushtuan Greqinë më 1941 ngase trupat italiane nuk ia dolën t’i mposhtin grekët në mësymjen nga territori i Shqipërisë. Në librin e tij “Një litër supë dhe 60 gramë bukë” Heinz Salvator Kounio, një hebre nga Selaniku, përshkruan vuajtjet e tij në Auschwitz, ku e dërguan nazistët në moshën 15-vjeçare. Mbijetoi falë ndërhyrjes së një oficeri gjerman ndërsa po qëndronte me të atin para trupës ekzekutuese. Me pushtimin e Greqisë, nazistët i detyruan hebrenjtë të bartin një yll të verdhë me shënimin “Evraios” (hebre).
Administrata naziste ua mori hebrenjve pasurinë. Max Merten, një burokrat nazist, i transferoi paratë e vjedhura të hebrenjve në një xhirollogari të tij që e kishte hapur te Banka Kombëtare e Greqisë. Merten, jurist me profesion, u arrestua më 1946 nga trupat amerikane në Gjermani. Amerikanët i ofruan qeverisë greke ekstradimin e Merten, por Athina refuzoi me arsyetimin se ai ishte sjellë mirë gjatë kohës së okupimit. Merten vazhdoi të punojë si avokat në Berlin. Ishte njëri nga themeluesit e Gesamtdeutsche Partei (GVP), themelues të tjerë të kësaj partie kanë qenë edhe Gustav Heinemann dhe Johannes Rau, të dy më vonë presidentë të Gjermanisë. Më 1957 Merten u arrestua gjatë një vizite në Greqi dhe u dënua me 25 vjet burg për shkak të deportimit të hebrenjve të Selanikut. Qeveria gjermane e kancelarit Konrad Adenauer i bëri presion qeverisë greke. Më 1959 Greqia miratoi një ligj i cili i jepte fund ndjekjes së kriminelëve të luftës dhe urdhëronte dëbimin nga vendi të shtetasve të huaj që ndodheshin në burgjet greke. Merten nuk vuajti as 30 muaj burg dhe u kthye në Gjermani. Përpjekjet për ndjekje penale ndaj tij në Gjermani dështuan ngase mungonte vullneti i drejtësisë. Merten madje mori dëmshpërblim nga shteti gjerman për kohën e kaluar në burgun grek. Gjermania përgjithësisht lavdërohet për ballafaqimin me të kaluarën, por në këtë ballafaqim ka shumë njolla. Shumë nazistë shpëtuan pa therë në këmbë dhe vazhduan karrierën në administratën shtetërore.
Deri në shfarosjen e komunitetit hebraik, Selaniku ishte qendër e hebrenjve të Europës, vatër e dijes, kulturës dhe bizneseve të shumta të hebrenjve europianë. Krahas hebrenjve që përbënin shumicën, në qytet jetonin sllavë, turq, shqiptarë, venedikas, avarë. Qyteti nisi të homogjenizohej pas vitit 1912 kur Perandoria Osmane po tërhiqej nga Ballkani dhe grekët pushtuan Selanikun.
Një kapitull i errët është edhe prishja e varrezave hebraike në Selanik më 1942. Nazistët e kryen këtë krim barbar në bashkëpunim me autoritetet kolaboracioniste të Selanikut. Kështu u shkatërruan varrezat më të mëdha hebraike në Europë (me 400 mijë varre). Pala greke ishte e interesuar që mbi varre të ndërtohet një universitet. Universiteti i sotëm i Aristotelit në Selanik gjendet mbi varret e hebrenjve.